尿道旁囊肿是女性尿道旁中最常见的肿块，囊肿通常发生在阴道口的两侧。它是由病原体的入侵引起的。在该疾病中发现的病原体主要是球菌、链球菌、大肠杆菌和淋病奈瑟氏球菌。此外，还有厌氧菌，其中拟杆菌是常见的，而拟杆菌是正常的阴道。寄生细菌有更多的感染机会。该形成与阴道口两侧的一对腺体有关。尿道旁囊肿的发生有几种可能性：
1、来自外胚层的残余组织分化为表皮；
2、阻塞毛囊皮脂腺导管。
3、手术创伤导致小表皮植入真皮组织。这种情况在已经进行手术的地方更常见，例如会阴切口和缝合以及会阴修复。