舍曲林作为新型抗抑郁药，短期服药的副作用是比较小的，但也有报道过像过敏等的副作用。长时间服药后，常见的不良反应有胃肠道不适，如恶心、厌食、腹泻等。亦可出现头痛、不安、无力、嗜睡、失眠、头晕或震颤等。
少见不良反应有过敏性皮疹及性功能减退。大剂量时可能诱发癫痫。
突然停药可有撤药综合症，如失眠、焦虑、恶心、出汗、震颤、眩晕或感觉异常等。因此停药需分阶段进行，避免操之过急。