肠道菌群失调的治疗需要采取多种综合措施，包括去除病因、给予微生态调节剂和使用抗生素的注意事项等。具体而言，可以采取以下措施：

去除诱因：对于特异性病原引起的肠道菌群失调，需要选择敏感的抗生素进行治疗，同时去除难以去除的诱因如器官移植后使用免疫抑制剂、肿瘤病人行放疗等，并加强扶正治疗。
管理抗生素的使用：因使用抗生素导致的菌群失调，应在严密观察下停用广谱抗生素或改用窄谱的敏感抗生素。
改善病人全身状况：全身情况的改善与肠道菌群的自身调整有着密切的关系，因此需要注意通过各种治疗改善病人的全身状况。
调整饮食：饮食应注意吃新鲜易消化的食物，一次进食量不宜过多，保证足够的维生素。对于不同类型的腹泻，应采用不同的饮食方式。
服用微生态调节剂：使用微生态制剂的主要目的是提高双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌的含量，恢复肠菌群的平衡。
预防肠道菌群失调的发生应从机体内外两个方面加强管理。患有慢性消耗性疾病又确有感染的患者在使用抗生素时，应严格掌握适应症，进行药物敏感试验，有针对性地选择最敏感的窄谱抗生素治疗，并尽量肠道外给药，而且用量不宜过大，疗程不宜过长。老人、婴幼儿及病后体弱者在使用抗生素或激素的同时，可以配合使用微生态调节剂和适量补充维生素。