IFNα的主要不良反应包括流感样症状、骨髓抑制、精神异常、甲状腺疾病、食欲减退、体重减轻、腹泻、皮疹、脱发和注射部位无菌性炎症等。其中，流感样症状可以在睡前注射IFNα，或者在注射IFNα同时服用非甾体类消炎镇痛药来减轻症状。骨髓抑制主要表现为外周血白细胞和血小板减少，需要定期进行血液学检测。精神异常可表现为抑郁、妄想症、重度焦虑和精神病，需要评估患者的精神状况并密切观察。IFNα还可以诱导自身抗体的产生，导致甲状腺疾病、糖尿病、血小板减少、溶血性贫血、银屑病、白斑、类风湿性关节炎和系统性红斑狼疮样综合征等，严重者需要停药。其他少见的不良反应包括肾脏损害、心血管并发症、视网膜病变、听力下降和间质性肺炎等。

利巴韦林的主要不良反应是溶血和致畸作用。需要及时检测血红蛋白、红细胞计数和网织红细胞计数，并在肾功能不全者禁用。此外，利巴韦林还可以引起恶心、皮肤干燥、瘙痒、咳嗽和高尿酸血症等不良反应。在治疗期间和停药后6个月内，男女患者均应采取避孕措施。