湿疣很复杂：有的疣体根大且深，有的融合粘连成片，自身相互传播，形成巨大顽固疣体。一般药物、激光、磁化、冷冻很难将其清除干净，尤其是使用激光冷冻治疗，极易将病毒扩散，不利根治。医生缺乏耐心、细心和经验，有的疣体小得几乎看不见，有的生长在隐蔽地方，容易漏治，给复发留下了隐患。

治疗方法不当：湿疣损害在皮肤表面，病根却在人体内，单一手术治疗方法容易破坏皮肤组织，达不到治愈的目的。

再感染：夫妻一方治愈而另一方是亚临床感染或病毒携带者，经过接触导致交叉感染。在这里特别指出的：湿疣患者在治疗中必须禁止性生活，夫妻及性伴侣要同时治疗。

体质差，免疫功能低下：有好多糖尿病、肝炎等患者，或者经常经感冒体质薄弱者，同时又患有湿疣病者，没有规则系统的治疗方案，患者又不很好配合治疗者，也很容易复发。