肾病综合征常见有四大并发症，这些并发症是影响预后的重要因素，甚至危及生命，应积极防治。
1.感染：非常常见，特别是肺炎，原发性腹膜炎、皮肤蜂窝组织炎及带状疱疹最为常见。强烈建议患者注意增强体质，注意个人卫生以及防护，预防感染。一旦发现感染，应及时选用对致病菌敏感、强效且无肾毒性的抗生素积极治疗，有明确感染灶者应尽快去除。
2.血栓及栓塞并发症：血管栓塞最常见的部位是肾静脉，动脉栓塞是后果最严重的，如心肌梗塞、脑梗塞、肺栓塞、四肢动脉栓塞，常可危及患者生命。因此，抗凝治疗非常重要，抗凝同时可辅以抗血小板药，如双嘧达莫或阿司匹林口服。对已发生血栓、栓塞者应尽早溶栓，同时配合抗凝治疗。
3.急性肾衰竭：最常见于病理类型为微小病变的肾综患者，常常由于腹泻或不恰当的利尿、限水限盐而诱发，也有不合理用药而诱发。肾综患者需要知道，肾病综合征患者虽然表现高度水肿，但血管中的水不一定足够，这时强行利尿（包括中药利尿）可能会诱发或者加重急性肾衰竭。因此，如果病人感觉口渴，不要因为害怕水肿而不敢喝水，只要不过度饮水就可。肾病综合征并发急性肾衰竭必须高度重视，尽快处理，严重时进行血液透析治疗，如处理不当可危及生命，若及时正确处理，大多数患者肾功能可以恢复。
4.蛋白质及脂肪代谢紊乱：常见，在肾病综合征缓解前常难以完全纠正，应调整饮食中蛋白和脂肪的量和结构，力争将代谢紊乱的影响减少到最低限度。必要时可以药物调整，如：中药黄芪、非诺贝特、他汀类药物等。大多数肾综患者病情缓解后高脂血症可自然缓解，无需继续药物治疗。