只有当血清HCV RNA呈阳性时，丙型肝炎患者才需要进行抗病毒治疗。对于不同类型的丙型肝炎患者，治疗方案也各有不同。

对于急性丙型肝炎患者，IFNα治疗能够显著降低其慢性化的风险。因此，一旦检测到HCV RNA阳性，就应该开始抗病毒治疗。目前，对于急性丙型肝炎的治疗尚无统一方案，一般建议给予患者普通IFNα，隔日1次肌肉或皮下注射，疗程为24周，同时服用利巴韦林800～1000mg/d。

对于慢性丙型肝炎患者，治疗主要基于ALT或AST的持续或反复升高，以及肝组织学的炎症坏死和纤维化程度。如果ALT或AST持续或反复升高，或者肝组织学有明显炎症坏死（G≥2）或中度以上纤维化（S≥2），则容易进展为肝硬化，需要积极治疗。对于ALT持续正常的患者，大部分肝脏病变较轻，但应根据肝活检病理学结果决定是否治疗。对已有明显纤维化（S2、S3）者，无论炎症坏死程度如何，均应给予抗病毒治疗；对轻微炎症坏死且无明显纤维化（S0、S1）者，可暂不治疗，但每隔3～6个月应检测肝功能。此外，ALT水平并不是预测患者对IFNα应答的重要指标。最近有研究发现，用PEG-IFNα-2a与利巴韦林联合治疗ALT正常的丙型肝炎患者，其病毒学应答率与ALT升高的丙型肝炎患者相似。因此，对于ALT正常或轻度升高的丙型肝炎患者，只要HCV RNA阳性，也可进行治疗，但尚需积累更多病例作进一步研究。

对于丙型肝炎肝硬化患者，代偿期肝硬化（Child-Pugh A级）患者可在严密观察下给予抗病毒治疗，以稳定病情、延缓或阻止肝功能衰竭和HCC等并发症的发生。而失代偿期肝硬化患者因难以耐受IFNα治疗的不良反应，如有条件可行肝脏移植术。对于肝移植后丙型肝炎复发的情况，IFNα治疗对此类患者有一定效果，但有促进对移植肝排斥反应的可能，因此需在有经验的专科医生指导和严密观察下进行抗病毒治疗。