自闭症谱系障碍与肠道微生物群的关系受到广泛关注。动物研究显示，微生物群的改变可能与自闭症谱系障碍的发生有关。微生物转移治疗也被证明对自闭症谱系障碍患者有良好的治疗效果。

自闭症谱系障碍患者存在明显的胃肠道症状的共病性。许多横向研究显示自闭症谱系障碍患者的微生物群组成发生了改变。然而，这些研究大多相对较小且不均匀，并不总是考虑饮食，也不能监测疾病进展的变化。动物研究有助于提供一个机械的理解微生物群如何可能在自闭症谱系障碍中发挥作用。

研究发现，来自自闭症谱系障碍捐赠者的肠道微生物群移植到无菌小鼠体内，足以诱导老鼠自闭症行为。经流行病学证实的自闭症谱系障碍环境危险因素动物模型报告了微生物群组成的改变。使用单一的细菌菌株可以逆转许多行为和胃肠道变化报告在人类研究和动物模型自闭症谱系障碍。此外，一些肠道微生物群落易受万古霉素影响，而万古霉素能促进炎症状态，这与自闭症谱系障碍有关。

一项小型生物群转移治疗的小规模试验研究表明，自闭症谱系障碍患者的治疗效果良好。与治疗前相比，接受微生物转移治疗的自闭症谱系障碍儿童腹痛、消化不良、腹泻和便秘明显减轻，与自闭症谱系障碍相关行为显著改善，自微生物转移点起至少持续了两年。作者还指出，在治疗后，患者的细菌多样性显著降低，双歧杆菌、普雷沃氏菌和脱硫弧菌丰度显著增加。