一般常规检查正常。根据病史和临床观察，有所选择地做染色体分析，特别是脆性X综合征，因为这是孤独症最常见的一个原因。另有研究发现孤独症儿童脑内5-羟色胺的产生远比正常儿童少。
染色体检查，15号染色体长臂近端缺失和复制；孤独症患者的γ-氨基丁酸A型（GABA-A）受体的亚单位基因即GABRB3 155CA-2位于15q11-13上，该基因的位点与功能与孤独症有关。
其他辅助检查：
应做脑电图、脑CT或脑磁共振成像、智力测验等等。使用5-羟色胺前体α-C11-甲基色氨酸作孤独症患儿PET影像学检查，可发现患儿的大脑左半球额叶、顶叶、颞叶、神经节和丘脑的5-羟色胺合成较低，而大脑右半球则合成正常，小脑显示对侧右齿状核部位5-羟色胺合成增加，这表明左侧大脑的功能障碍。