肾病综合征总体的预后是比较好的，但个体间差异很大。决定预后的主要因素包括：
1.病理类型：一般说来，微小病变型肾病和轻度系膜增生性肾小球肾炎的预后好。微小病变型肾病治疗缓解率高，但易复发。早期膜性肾病有较高的治疗缓解率，晚期虽难以达到治疗缓解，但病情多进展缓慢，发生肾衰竭较晚。系膜毛细血管性肾小球肾炎及重度系膜增生性肾小球肾炎疗效不佳，预后差，较快进入慢性肾衰竭。局灶节段性肾小球硬化预后不一，影响预后的最主要因素是尿蛋白程度和对治疗的反应。
2.临床因素：高血压、高血脂、高尿酸、大量蛋白尿均可促进肾小球硬化，如长期得不到控制，则成为预后不良的重要因素。反复感染、血栓栓塞等并发症的出现也会影响预后。另外，肾穿刺时血肌酐水平也是判断预后的重要因素之一。
3. 治疗依从性：肾病综合征是属于慢性病，达到临床治愈至少需要1年以上，规则治疗，大部分预后较好。部分依从性差的病人会导致病情长期得不到控制，或病情反复发作。部分患者对治疗信心不足，偏信“民间偏方”，导致病情延误，甚至出现中草药相关性肾病，导致较早出现肾功能损害，严重影响预后。因此，患者的治疗依从性是影响预后的一个重要因素。