智能迟缓：其主要为智力明显低于同龄儿童伴有社会适应缺陷，但无人际交往障碍和刻板重复的行为。孤独症患儿约25%智力正常，其余的可有不同程度的智能迟缓。此外，孤独症较智能迟缓明显不同的是男孩多于女孩。而且某些孤独症在计算机和机械记忆方面有特异的能力。
语言障碍：尽管语言障碍儿童也可有社会交往障碍和兴趣狭窄的表现，但程度较孤独症患儿轻。而且孤独症儿童在语言发展上常见回声样语言、对物品的机械性记忆和代词的颠倒。
广泛发育障碍：该障碍也涉及儿童认知、交流和社会技能三个方面，临床上易与孤独症相混淆，但与孤独症比较，这三方面的影响程度较轻。有些研究表明广泛发育障碍儿童的社会交往及与他人的关系较孤独症儿童好，表现一种较主动的社会兴趣、一定程度的情感和较好地维持与他人的相互交往。
强迫症：功能孤独症儿童常出现刻板重复动作，如个别手指动作、身体旋转等，其症状类似于强迫症，但后者无社会交流障碍和语言障碍的表现。