HPV病毒主要侵袭皮肤表皮层，连真皮层都很少进入，因此治疗通常以局部治疗为主。通过现在的治疗手段，局部的疣体完全可以去除，部分患者治疗后HPV也可以转成阴性。如果没有复发，治疗后3个月局部的绝大部分病毒可以去除，大约两年内，90％的患者体内的免疫系统会逐步消除残存的HPV，长期反复感染HPV不愈的患者在临床上来说很罕见。反复复发的患者通常见于免疫功能特别低下的患者，例如长期服用免疫抑制剂者，合并糖尿病、艾滋病患者。这些患者体内的HPV病毒和免疫系统之间，需要进行长期、反复的相互斗争，但通常而言，免疫系统能够最终消灭病毒。